酵素灌裝機械生產整個過程的控制方式是以100%的日本原菌種來控制，水果酵素的發酵全部是以單一發酵，整個作用階段從原料進來到清洗、干燥、裁切、發酵、鰲合，至少365天以上的時間來萃取，然后經由品管控制、填充包裝最后出倉。

酵素灌裝機械生產流程：選材 -> 清洗 ->榨汁 -> 過濾 -> 發酵 -> 調配 -> 灌裝 -> 包裝 -> 出倉

生產工藝：水果酵素采用傳統工藝發酵，發酵過程分三個階段: 酵母菌發酵、醋酸菌發酵和乳酸菌發酵。

第一階段：酵母菌發酵——酵母菌發酵階段將大分子分解成小分子，把淀粉分解成二氧化碳和酒精，也叫糖化作用。

第二階段：醋酸菌發酵——醋酸菌發酵階段將酒精分解掉，這個階段也叫醋化作用。

第三階段：乳酸菌發酵——乳酸菌發酵階段乳酸在反応作用下產生益生菌，這個階段也叫熟成作用。

酵素發酵之重要性：

酵素之核心技術為發酵菌種，以日本生產酵素技術平臺，完全天然發酵，精純釀造。

酵素精選天然、無污染、無噴射農藥的新鮮蔬果、野菜、菌菇類等百余種原物料經嚴格挑選、沖洗后，采用先進的高科技生物萃取技術，以科學配比進行壓榨，應用恒溫控制發酵工藝裝入特制的衛生級儲存罐內，密封窖藏發酵180天以上，然后提取發酵后的酵素原液配益生菌群再進行二次發酵，經過兩次發酵后其富含更多營養成分更容易被人體吸收。由于整個生產過程的溫度均控制在40℃以下自然發酵，熬合過程十分緩慢，所以酵素生產周期須超過一年以上才能灌裝包裝。

酵素灌裝機械生產的酵素飲料是由活細胞產生的具有催化活性和高度選擇性的特殊有機物(蛋白質，RNA，DNA)，其中絕大部分酶是蛋白質。按其組成的不同，將蛋白質酶類分成單純蛋白質和結合蛋白質兩大類。例如，大多數水解酶屬單純由蛋白質組成的酶; 黃素單核苷酸酶則屬由酶蛋白和輔助因子組成的結合蛋白酶。結合蛋白質中的酶蛋白為蛋白質部分，輔助因子為非蛋白質部分，兩者結合成全酶，只有全酶才有催化活性。